Métagénomique : quelles avancées pour l’évaluation de l’exposition microbiologique domestique ?

La métagénomique ciblée (metabarcoding) permet d’établir un inventaire d’un type d’organisme donné dans un milieu complexe. Elle est basée sur l’analyse de l’ADN environnemental par séquençage haut débit (NGS) à partir de régions d’ADN ciblées, préalablement amplifiées par PCR. La métagénomique est de plus en plus utilisée pour caractériser la composition microbiologique de l’environnement intérieur. Les performances de cette méthode seraient supérieures à celles des méthodes d’analyses « classiques » disponibles (culture, qPCR pour les micro-organismes). En effet, c’est la première technique qui détecte les espèces non cultivables et/ou inconnues, avec des séquences non assignées. Les publications présentées réalisent une évaluation des communautés microbiennes par métagénomique au sein de logements et à l’extérieur proche. Le pyroséquençage a été utilisé dans la première publication pour évaluer les communautés fongiques de composteurs domestiques. Les auteurs de la deuxième publication ont eu recours à la technologie Illumina pour évaluer les communautés fongiques et bactériennes à l’intérieur et à l’extérieur de logements. Cet article est issu du BVS de l’Anses : en savoir plus.