Métagénomique : quelles avancées pour l’évaluation de l’exposition microbiologique domestique ?
La métagénomique ciblée (metabarcoding) permet d’établir un inventaire d’un type d’organisme donné dans un milieu complexe. Elle est basée sur l’analyse de l’ADN environnemental par séquençage haut débit (NGS) à partir de régions d’ADN ciblées, préalablement amplifiées par PCR. La métagénomique est de plus en plus utilisée pour caractériser la composition microbiologique de l’environnement intérieur. Les performances de cette méthode seraient supérieures à celles des méthodes d’analyses « classiques » disponibles (culture, qPCR pour les micro-organismes). En effet, c’est la première technique qui détecte les espèces non cultivables et/ou inconnues, avec des séquences non assignées. Les publications présentées réalisent une évaluation des communautés microbiennes par métagénomique au sein de logements et à l’extérieur proche. Le pyroséquençage a été utilisé dans la première publication pour évaluer les communautés fongiques de composteurs domestiques. Les auteurs de la deuxième publication ont eu recours à la technologie Illumina pour évaluer les communautés fongiques et bactériennes à l’intérieur et à l’extérieur de logements. Cet article est issu du BVS de l’Anses : en savoir plus.
À voir aussi
-
Résidus et contaminants chimiques26 avril 2024
Pas d’augmentation en 2022 des résidus dans les produits animaux et les animaux vivants contrôlés en Europe (TRADUCTION)
Ce rapport de l’Efsa résume les données de surveillance recueillies en 2022 sur la présence de divers résidus (contaminants environnementaux, substances interdites, hormones, antibactériens et autres médicaments vétérinaires) dans les animaux vivants et leurs produits dans les États membres de l'UE, ainsi qu’en Islande et en Norvège. Au total, 600 320 échantillons ont été déclarés… -
Zoonoses alimentaires5 avril 2024
Augmentation des infections graves d’origine alimentaire signalées en Europe en 2022 en raison d’une meilleure détection
D’après l’ECDC (Centre européen de prévention et de contrôle des maladies), le nombre de cas de listériose notifiés en Europe depuis la pandémie de Covid-19 est en hausse. Les infections à STEC ainsi que les cas de syndrome hémolytique et urémique (SHU) associés sont également en hausse, ce qui pourrait s’expliquer en partie par une… -
Zoonoses alimentaires5 avril 2024
Service d’inspection et contrôles vétérinaires et phytosanitaires aux frontières
Les postes frontaliers chargés des contrôles sanitaires des produits provenant de pays extérieurs à l’Union Européenne sont regroupés dans un service rattaché à la DGAL : le service d’inspection vétérinaire et phytosanitaire aux frontières (SIVEP). Le ministère de l’Agriculture et de la Souveraineté alimentaire présente la composition de ce service et les contrôles, sanitaires et…