Séquençage du génome entier : un instrument prometteur dans la lutte contre la RAM

L’utilisation de la technique du séquençage du génome entier est susceptible d’améliorer la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les aliments et chez les animaux, a annoncé l’EFSA dans un nouveau rapport publié le 5 juin 2019. 

L’utilisation de la technique du séquençage du génome entier est susceptible d’améliorer la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) dans les aliments et chez les animaux, a annoncé l’EFSA dans un nouveau rapport. L’EFSA suggère que ces méthodes pourraient être progressivement introduites dans les activités de surveillance des États membres, avant la révision de la législation dans ce domaine qui doit entrer en vigueur en 2021.

Le séquençage du génome entier pour identifier les gènes résistants

En utilisant le séquençage du génome entier, les experts peuvent identifier directement les gènes résistants dans les bactéries, par opposition aux méthodes phénotypiques actuelles dans lesquelles on teste la résistance des bactéries à des antibiotiques spécifiques. Cette méthode a non seulement le potentiel de prédire la RAM de manière plus efficace mais permet également de générer une grande quantité de données susceptibles d’être utilisées par la suite dans d’autres études ou analyses épidémiologiques.

Une surveillance renforcée pour les fruits de mer

Le rapport de l’EFSA note également la nécessité de surveiller la résistance aux antimicrobiens dans les fruits de mer, un sujet sur lequel les connaissances actuelles sont insuffisantes. Ceci est lié à la récente expansion de la production en aquaculture et à l’augmentation des produits de ce type importés dans l’UE.

Des préconisations de recherche et de surveillance

Les experts soulignent en outre l’importance de comprendre comment la RAM apparaît et se développe dans les environnements où les aliments sont produits ou transformés – une question qui nécessite davantage d’études et sur laquelle l’EFSA commencera bientôt à travailler.

Enfin, le rapport donne des recommandations sur la taille des échantillons et préconise de surveiller la résistance à certains antibiotiques qui sont devenus pertinents pour la santé publique et qui ne font pas l’objet d’une surveillance actuellement. Cela permettra de mieux détecter d’éventuels nouveaux mécanismes de résistance. La surveillance est l’un des éléments essentiels dans la lutte contre la RAM et constitue l’une des priorités du plan d’action de l’UE sur la RAM.

Le rapport complet est disponible ici.

Source : EFSA.