Ferme bio, paysage et microbiome : les usages du territoire pèsent autant que les pratiques locales sur les communautés microbiennes des sols

Cette étude menée sur des fermes certifiées biologiques combine des données de microbiologie des sols et de paysage pour comparer l’influence des pratiques de diversification intra-parcellaire (diversité des cultures, couvert végétal, cultures de couverture) et des usages du territoire environnant (prairies, cultures annuelles, boisements, surfaces artificialisées) sur la composition microbienne des sols. Les auteurs ont analysé plusieurs métriques de diversité microbienne (richesse, diversité, composition des réseaux bactériens et fongiques) en fonction des gradients de paysage, des systèmes de culture et de l’intensité du recours au couvert végétal, en s’appuyant sur des données géospatiales et des séquences d’ADN du sol. Étonnamment, les résultats montrent que la composition du paysage autour des exploitations explique une part importante de la variabilité des communautés microbiennes, souvent équivalente, voire supérieure, à celle attribuable aux seules pratiques de diversification au sein des parcelles. Autre conclusion importante : l’augmentation de la diversité des cultures tend à renforcer certains réseaux bactériens, tandis que le recours intensif aux cultures de couverture modifie la structure fongique. L’étude conclut que la gestion du microbiome des sols en agriculture biologique ne peut se limiter aux pratiques à l’échelle de la ferme : elle doit intégrer la configuration des usages du territoire, dans une approche paysagère de la santé des sols et des services écosystémiques.

Référence : Dastogeer, K. M. G., Thompson, J. B., Esquivel, K., Waterhouse, H., Baur, P., Karp, D. S., Kremen, C., Olimpi, E. M., & Bowles, T. M. (2026). Surrounding land use and land cover shape the soil microbiome to a similar extent as local diversification practices across organic farms. Agriculture, Ecosystems & Environment, 411, 110556.

Source : Agriculture, Ecosystems & Environment