Évaluation économique du séquençage du génome des agents pathogènes pour leur identification et leur surveillance

Cette étude parue en mars 2021 dans la revue Eurosurveillance propose une évaluation des coûts et des bénéfices du séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) des agents pathogènes pour leur détection et leur surveillance, dans huit laboratoires de référence.

Comparativement aux méthodes courantes, l’utilisation du séquençage du génome entier (Whole Genome Sequencing, WGS) entraîne un surcoût de 15 à 727 € par échantillon, en fonction du volume d’échantillons analysés et de l’infrastructure bio-informatique. Les principaux avantages du WGS sont l’identification des pathogènes et leur surveillance. Une réduction de 0,2 à 1,1 % des cas de salmonellose grâce au WGS permettrait d’équilibrer les coûts supplémentaires.

Référence : Alleweldt F, Kara Ş, Best K. et al. Economic evaluation of whole genome sequencing for pathogen identification and surveillance – results of case studies in Europe and the Americas 2016 to 2019. Eurosurveillance, 2021; 26, 1900606.

Source : Eurosurveillance, Plateforme SCA.